高企证书在手，为何还要补税3.35亿元？

——高新技术企业税收优惠合规风险观察

减按15%的税率缴纳企业所得税，是高新技术企业享有的最直接税收红利。但“取得资格”绝不等于“一劳永逸”：近年来多家上市公司公告因不满足高企优惠条件而补税，金额动辄过亿元。2026年9月2日，大有能源公告两家子公司因高企优惠“适用基础有偏差”被要求补缴税款及滞纳金约3.35亿元，再次为持证高企敲响警钟。

一、案例：两家煤矿子公司补税3.35亿元

2026年9月2日，河南大有能源股份有限公司（600403.SH）公告：其三级子公司库车市榆树岭煤矿有限责任公司、库车市科兴煤炭实业有限责任公司，因高新技术企业所得税优惠政策“适用基础有偏差，部分业务活动不满足税收优惠政策条件”，经与国家税务总局阿克苏地区税务局沟通核查，需查补预缴2022—2024年度企业所得税及滞纳金合计约3.35亿元，其中榆树岭公司约1.65亿元、科兴公司约1.70亿元。截至公告披露日，两公司已补缴税款合计2.31亿元。

公告同时披露，上述税款及滞纳金将计入2026年当期损益，预计减少公司2026年度归属于上市公司股东的净利润约2.68亿元；本事项不涉及行政处罚，目前仍在沟通与处理过程中，最终结论尚待进一步认定。

本案的特殊之处在于，涉税主体是两家煤矿企业。煤矿的主要收入来自原煤开采与销售，属于传统采掘业务，除非能够证明其运用核心支持技术生产的产品（服务）属于《国家重点支持的高新技术领域》范围，否则“高新技术产品（服务）收入占总收入比例不低于60%”这一硬指标难以成立。税务机关认定的“适用基础有偏差”，指向的正是这一层：即便持有高企证书、研发费用占比等指标形式达标，只要优惠的实质基础不成立，已享受的15%优惠税率仍会被否定，须按25%的法定税率补缴税差，并按日加收万分之五的滞纳金。

二、密集补税公告背后：高企优惠已进入"存量清退"阶段

大有能源的补税公告并非孤立事件。把视线拉长可以看到，2025年以来，上市公司因高新技术企业税收优惠被追缴而单独发布补税公告的已不下八起，累计金额约20亿元，仅2026年便集中出现五起；若再叠加各地认定机构批量取消高企资格的名单，一场针对高企资质存量问题的集中清理，其实早已在进行。个案之所以密集"显影"，背后是四条清晰的监管逻辑。

其一，取消资格的数量说明监管正在"换挡"。 据公开数据，全国被取消高新技术企业资格的企业数量，从2022年的约706家增至2023年的1758家、2024年的3935家，2025年更超过4300家，四年增长逾六倍，仅2025年12月单月便有十余个省市集中取消800余家。进入2026年，专项核查并未收敛——前文的大有能源、此前的太极实业，正是核查力度传导到上市公司层面的结果。

其二，核查方式已从"查材料"升级为"对数据"。 金税四期上线后，研发费用归集、高新收入占比、科技人员比例、知识产权状况、年度发展情况报表等关键指标，均可在税务、科技、知识产权等系统间自动比对核验。多起案例中的企业并非被人为"举报"，而是在跨部门数据比对中直接"显形"。纸质申报时代"一套材料应付多部门"的做法，如今已没有操作空间。

其三，"追溯取消"让风险敞口按年滚大。 高企资格一旦被取消乃至追溯取消，追缴范围随之回溯至不符合条件年度。云南铜业子公司赤峰云铜即是典型：三部门联合发文将其资格追溯取消至2022年，三个年度按15%少缴的税款连同增值税进项税额加计抵减等一并被追回，补税及滞纳金合计5.12亿元——远超当年"省下"的税。资格存续每多一年，潜在敞口便多积累一年，这正是高企补税金额动辄以亿计的结构性原因。

其四，被追回的不只是10个点的税差。 梳理公开公告可以发现，清理范围早已超出"25%与15%的税率差"本身：既包括企业所得税，也覆盖增值税进项税额加计抵减、附加税费，一些地方给予的高企奖励资金同样面临返还；滞纳金按日万分之五计收，并随追溯年度不断叠加。太极实业子公司十一科技的补税公告中，企业所得税、增值税及附加、滞纳金三笔合计即超过3亿元，正是追缴范围延伸的直观注脚。

个案频发、金额放大、税种延伸——这些信号共同指向一个判断：高企优惠的管理重心，正从"认定入口"转向"存续全程"，监管姿态也从"重申报、轻维护"转向"申报与维护并重、违规必究"。对于持证企业而言，证书已不再是"免检通行证"，而是一份需要持续用合规去维护的动态资质。

三、优惠的适用基础：证书之外看实质

根据《企业所得税法》第二十八条以及《高新技术企业认定管理办法》（国科发火〔2016〕32号），高新技术企业减按15%的税率缴纳企业所得税，但须同时满足一系列实体条件：对企业主要产品（服务）发挥核心支持作用的技术属于《国家重点支持的高新技术领域》；高新技术产品（服务）收入占企业同期总收入的比例不低于60%；科技人员占企业职工总数的比例不低于10%；近三个会计年度研发费用总额占同期销售收入总额的比例达到规定标准（销售收入5,000万元以下的为5%，5,000万元至2亿元的为4%，2亿元以上的为3%），且境内研发费用占比不低于60%；企业创新能力评价须达到70分以上。

上述指标中，最容易“形式达标、实质不符”的，正是领域归属与高新收入占比两项。实践中，部分企业在中介机构的引导下，通过“拼凑专利”“包装研发费用”“虚增高新产品收入”等方式组装申报材料，资格到手后实际业务并未发生实质变化。中南财经政法大学税收治理研究中心主任田彬彬即指出，这种存量资源的重新组合，既没有起到激励真正创新的作用，还引发了企业之间的不公平竞争和税收流失。

这也可以解释为何监管持续收紧：2026年以来案件集中爆发，追溯取消、优惠清理力度明显加大，工信部亦已明确提出修订高新技术企业认定管理办法。对持证企业而言，必须清醒认识到：认定只是“入场券”，优惠以“持续符合条件”为前提。资格被取消的，税务机关有权追缴其不符合条件年度已享受的税收优惠并加收滞纳金；企业此前如享受过高企相关的财政奖励资金，还可能被要求返还。

四、明税提示

其一，重新审视“适用基础”。传统行业企业尤须自查：主要收入是否真正来自运用核心支持技术的产品或服务？高新收入占比是否真实达到60%？切忌将普通营业收入“包装”进高新技术收入，拼凑申报埋下的隐患迟早会在核查中暴露。

其二，程序义务与实质条件同等重要。心脉医疗因漏填报表被摘牌的教训表明，年报填报、重大事项变化报告等程序性义务的违反，同样可能导致资格取消、优惠被追缴，且补税金额按年累积，代价不菲。

其三，留存完整证据链。研发立项文件、研发费用辅助账、知识产权与主要产品的对应关系、高新收入的归集口径等资料，应当系统留存备查，这是应对后续核查、主张优惠正当性的基础。

其四，被核查时积极应对。大有能源以“查补预缴＋沟通认定”的方式处理且未受行政处罚，电投能源通过自查调整化解风险，均说明主动配合、争取从轻处理仍有空间。涉税事项专业性强、金额重大，建议及早引入专业税务律师，系统评估风险并制定应对方案。

版权说明

本文为明税研究中心原创内容，若需转载请联系我们，关注【明税】订阅更多内容。