​七、医药生产企业税务合规建议

在医药行业监管高压态势下，税务合规已成为企业生存与发展的生命线。医药行业税务合规涉及全流程风险防控，以下从内部培训、推广商管理、发票合规、检查应对、法律救济及专业支持六方面，构建覆盖事前预防、事中控制、事后补救的合规体系，助力企业防范税务风险，保障合法经营。

（一）建立内部税务合规培训机制

医药行业财务人员需推动建立系统化的内部税务合规培训机制，以强化全员风险意识并夯实合规基础。培训应覆盖财务、业务及管理层，定期组织税法政策解读与实务操作培训，内容需结合行业特性，包括全电发票管理、研发费用归集等具体流程，以及金税四期下发票流、资金流、物流一致性的监管要求，同时邀请税务专家实时答疑，确保对政策的准确理解。案例教学是关键环节，可通过剖析虚开发票、隐匿收入等行业典型稽查案例，编写《税务风险案例汇编》作为反面教材，强化员工对合规红线的认知，尤其针对采购、营销等重点岗位，需融入反商业贿赂、推广服务真实性核查等专项内容，提升其对业务合规性的把控能力。

为保障培训效果，应建立配套机制：将税务合规纳入绩效考核体系，对违规行为严肃问责；同时，培训内容需动态更新，及时纳入国家税务总局、医保局发布的最新政策及行业趋势，确保员工持续掌握监管重点。通过常态化培训、案例警示与机制约束相结合，既能将合规理念融入日常操作，又能推动形成“全员参与、全程可控”的税务合规文化，从源头降低涉税风险。

（二）加强推广商审查与合同管理

面对重点虚开发票风险，医药行业需针对服务推广商（尤其是CSO）构建全流程风险防控体系，重点阻断虚开发票风险传导。

在合作准入阶段，应建立推广商白名单制度，全面审查其经营状况、业务资质及税收信用，核查是否列入重大税收违法“黑名单”，对新增或变更为个人独资企业、一人有限公司的主体，需实地核验经营场所真实性，避免与空壳公司合作；同时要求推广商签署依法纳税承诺书，对资质材料登记留档，根据考核动态调整白名单。

合同签订时，需细化涉税条款，明确发票类型、税率、开票时间及违约责任，例如约定“因发票不合规导致的损失由开票方全额赔偿”，并将发票合规性与付款条件挂钩，形成刚性约束。

合作过程中，需监督推广服务全流程，要求提供活动方案、专家签到表、现场影像等佐证材料，确保学术会议组织、市场调研等服务真实可溯；风控部门不定期抽查资料，对存在虚开风险的推广商及时清退。交易完成后，需完整留存合同、发票、银行流水、物流单据等，确保“业务流、资金流、发票流、合同流”四流一致。

通过准入严筛、合同约束、过程留痕及证据闭环管理，可有效夯实业务真实性基础，防范虚开发票风险。

（三）加强发票合规管理

医药行业财务人员需构建全流程发票合规管理体系，以防范虚开发票风险，夯实税务合规基础。依据《发票管理办法》要求，企业应设立覆盖发票开具、取得、审核、归档的全流程内控制度。

从税务角度而言，业务真实性是税务机关认定虚开发票等税收违法行为的重要考量，所以需要重点确保“业务流、资金流、发票流、合同流”四流一致。采购环节向农户采购中药材时，需登记售货人身份信息、银行账户等，避免现金交易导致证据链断裂；针对两票制下的销售费用，细化会议费、咨询费等科目管理，要求推广服务商依法开具合规发票，同时附会议签到表、现场影像、咨询成果报告等证明材料，杜绝虚构业务套开发票；同时应加强财务报销制度的管理，在报销业务人员费用时，除了要严格审核发票真伪外，还应审核发票反映的业务是否真实发生，附件证明材料是否齐全，以避免事实和形式的矛盾。

（四）积极应对税务检查

面对税务检查，医药企业需构建系统化应对机制。

首先应组建由财务负责人、法务人员及外部税务顾问构成的专业团队，统一协调资料提供与沟通事宜，避免因沟通不当加剧风险。

检查阶段，应及时梳理相关交易资料和证据，及时提供对自己有利的资料，并做好沟通和必要的陈述申辩。

（五）及时采取税务救济手段

医药企业在收到税务机关处理或处罚决定后，需精准把握法律救济时限与流程，通过合规手段维护合法权益。

在行政处罚告知阶段，应在收到告知书5日内及时申请听证，充分陈述申辩意见，避免因程序疏漏影响结果。

税务处理或处罚决定作出后，若对结果有异议，需在60日内缴清税款、滞纳金或提供有效纳税担保，随后在担保确认或款项缴清之日起60日内提起行政复议，重点针对偷税定性、纳税调整等争议点，补充交易合同、资金流向记录等证据。

对复议结果不服的，需在收到复议决定后6个月内提起行政诉讼，确保诉讼材料涵盖完整证据链，如虚开发票争议中提供真实业务的物流单据与付款凭证。

通过严格遵循听证、复议、诉讼的时限要求，结合医药行业业务特性夯实证据基础，可有效提升救济成功率，保障企业合法权益。

（六）聘请税务专业人士

医药企业面临复杂多变的税收政策和高压监管环境，仅凭内部团队往往难以全面识别和应对潜在风险。专业税务顾问的介入是构建合规体系的关键一环。专业团队可第一时间解析政策要点，结合企业业务模式预判风险，根据企业实际业务场景设计合规的发票管理流程、费用列支标准及业务模式优化路径等。

尤其，相关企业或个人在面临税务稽查或刑事调查/指控时，税务律师可协助企业梳理证据链、撰写申辩材料、实施听证、复议、诉讼或刑事辩护等法律救济程序，最大限度降低行政或刑事风险。

八、明税观察

在医药行业监管日益严格的当下，持续税务合规对医药企业至关重要。从企业自身角度来看，合规能避免税务风险带来的经济损失，降低补税、罚款甚至刑事责任的可能性，保障企业的资金安全和正常运营。例如，诸多因虚开发票被处罚的企业，不仅面临巨额罚款，还严重影响了企业声誉和后续发展。

从行业发展层面而言，持续合规有助于营造公平竞争的市场环境，推动整个医药行业朝着规范化、专业化方向发展。当所有企业都遵守税务法规时，“劣币驱逐良币”的现象将得到遏制，行业生态得以净化，为企业的长期发展奠定坚实基础。

展望未来，随着金税四期的推进和全电票的普及，税务监管会更加严格。医药企业应将税务合规作为企业发展战略的重要组成部分，积极主动地适应监管变化。一方面，持续加强内部管理，不断完善加强发票合规管理、合作方审查与合同管理等制度；另一方面，加大在数字化转型、专业人才培养等方面的投入，提升企业的核心竞争力。只有这样，企业才能在激烈的市场竞争中立于不败之地，实现可持续发展，为医药行业的健康发展贡献力量。

法律声明

本文件载明的内容并不构成我们对相关问题的正式法律意见。如任何人依据该文件的内容从事任何的行动而遭受任何的损失或被任何政府部门处以罚款，北京明税律师事务所，及其合伙人和任何的雇员并不承担任何的责任和损失。感谢实习生张文慧同学对本报告的贡献。

*本文摘自于《整治风暴下，医药企业税务合规指引（2025版）》，全文目录如下：

目  录

前言

一、医药生产企业及发展概况

（一）医药行业与医药生产企业

（二）医药行业产业链

（三）2024年中国医药行业发展概况

二、医药领域不正之风整治与税务监管

（一）新医改的目标和定位

（二）不正之风整治

（三）不正之风整治效果

（四）2025年，医疗领域整顿持续保持高压

三、中国税制改革与监管变化对医药生产企业的影响

（一）“两票制”

（二）营改增

（三）金税四期和信息透明时代的税务监管

四、医药生产企业十大典型税务案例

案例一：四川云亳堂药业虚假中药材采购虚开发票案

案例二：贵州某药业虚构中药材采购虚开发票及少计收入偷税案

案例三：上海某生物医药虚报研发费用加计扣除偷税案

案例四：黑龙江某华医药企业虚构交易虚开发票偷税案

案例五：朗×医药科技取得虚开普票被追缴税款并处罚款加收滞纳金案

案例六：上海心×医疗因未填报高企年度报表被取消资格补税案

案例七：深圳D药业通过科目错配隐匿广宣费支出偷税案

案例八：拟上市药企A公司取得虚开推广发票补税案

案例九：C医药制造企业过期药损失直接税前列支案

案例十：A药企八亿餐费伪装会议费偷税案

五、医药生产企业六大税务风险点

（一）采购农产品增值税抵扣的税务风险点

（二）研发费用加计扣除的税务风险点

（三）资产损失处理的税收风险点

（四）账簿上不列、不及时、少列收入税收风险点

（五）销售费用的税收风险点

（六）相关税收优惠的税收风险点

六、医药生产企业税务风险成因

（一）内部管理缺陷

（二）外部税收政策与监管环境变化

七、医药生产企业税务合规建议

（一）建立内部税务合规培训机制

（二）加强推广商审查与合同管理

（三）加强发票合规管理

（四）积极应对税务检查

（五）及时采取税务救济手段

（六）聘请税务专业人士

八、明税观察

法律声明

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