六、医药生产企业税务风险成因

医药制造企业的税务风险是内部管理短板与外部环境变化共同作用的结果：内部管理漏洞导致核算偏差、业务与税务脱节；外部税收政策迭代与监管技术升级带来适应挑战，同时行业政策叠加与合作方风险传导加剧合规压力。上述因素交织，形成系统性风险。

（一）内部管理缺陷

部分医药制造企业内部管理制度不完善，关键环节存在明显漏洞。

其一，研发费用核算粗放。企业研发周期长、投入大，且研发与生产常共用资源，如实验室设备、技术人员，若未建立清晰的费用分摊标准，易导致加计扣除范围扩大化——如将生产车间设备折旧、非研发人员薪酬混入研发支出，或未区分资本化与费用化节点，引发税务机关对加计扣除合规性的质疑。

其二，发票与业务流脱节。行业销售依赖CSO推广，但部分企业对CSO仅形式审核发票与合同，未实质核查推广活动真实性，如学术会议无签到表、市场调研无成果报告，导致“发票流与业务流背离”，成为虚开发票风险的传导节点；中药材采购中，若未严格登记农户身份信息、留存物流验收记录，易因收购发票与实际采购量不符引发虚开风险。

其三，内控机制碎片化。财务与业务部门存在信息壁垒，合同签订未嵌入税务条款，如未明确发票类型、税率及违约责任，采购环节对供应商资质审核流于形式，未核查是否列入税收违法“黑名单”，销售环节对回款与开票节奏管控松散，导致“合同流、资金流、发票流”断裂，形成四流不一致的潜在风险。

其四，财务人员政策适配不足，对税收优惠政策理解滞后。如高新技术企业认定中研发人员占比不达标却违规享受15%税率优惠，或对生物制品简易计税政策适用条件判断失误，引发税率适用错误。

（二）外部税收政策与监管环境变化

税收政策迭代与监管技术升级，对企业合规能力提出更高要求。

其一，税制改革带来适应挑战。近年来税收优惠政策持续细化，如研发费用加计扣除比例提升至100%，但同步收紧“研发活动”界定，若企业未及时更新核算口径，易出现申报偏差；增值税对细分领域的差异化规定，如中药饮片简易计税、创新药留抵退税，要求精准匹配业务场景，否则可能因政策误读导致抵扣错误。

其二，监管技术放大风险暴露。金税四期实现税务与工商、医保、银行等多部门数据互通，通过大数据穿透式监管精准识别异常——如某药企通过个人卡支付CSO费用，虽发票已入账，但资金流与合同流背离被系统预警，追溯出隐匿收入风险；农产品采购中，系统自动校验采购量与产能、物流的匹配性，虚构农户信息、虚增收购量的行为更易被锁定。

其三，行业政策叠加加剧压力。两票制压缩流通环节后，销售费用向CSO集中，但部分CSO为空壳公司，通过虚开服务费发票套取资金，风险极易传导至合作药企；医保支付改革中，药品价格与成本核算的联动核查，如医保局对“高价药”成本合理性的质疑，与税务机关对费用真实性的监管形成交叉，若定价与研发、生产、推广成本逻辑断裂，可能同时面临价格违规与税务处罚。

其四，合作方风险传导。医药供应链涉及多层主体，上游供应商虚开发票，如伪造中药材收购发票，下游客户偷税被查，均可能通过发票流、资金流牵连中游制造企业——金税四期“风险扫描”中，上下游异常数据会直接触发协查，形成“一损俱损”的传导效应。

*本文摘自于《整治风暴下，医药企业税务合规指引（2025版）》，下一期将更新第七分内容“医药生产企业税务合规建议”，全文目录如下：

目  录

前言

一、医药生产企业及发展概况

（一）医药行业与医药生产企业

（二）医药行业产业链

（三）2024年中国医药行业发展概况

二、医药领域不正之风整治与税务监管

（一）新医改的目标和定位

（二）不正之风整治

（三）不正之风整治效果

（四）2025年，医疗领域整顿持续保持高压

三、中国税制改革与监管变化对医药生产企业的影响

（一）“两票制”

（二）营改增

（三）金税四期和信息透明时代的税务监管

四、医药生产企业十大典型税务案例

案例一：四川云亳堂药业虚假中药材采购虚开发票案

案例二：贵州某药业虚构中药材采购虚开发票及少计收入偷税案

案例三：上海某生物医药虚报研发费用加计扣除偷税案

案例四：黑龙江某华医药企业虚构交易虚开发票偷税案

案例五：朗×医药科技取得虚开普票被追缴税款并处罚款加收滞纳金案

案例六：上海心×医疗因未填报高企年度报表被取消资格补税案

案例七：深圳D药业通过科目错配隐匿广宣费支出偷税案

案例八：拟上市药企A公司取得虚开推广发票补税案

案例九：C医药制造企业过期药损失直接税前列支案

案例十：A药企八亿餐费伪装会议费偷税案

五、医药生产企业六大税务风险点

（一）采购农产品增值税抵扣的税务风险点

（二）研发费用加计扣除的税务风险点

（三）资产损失处理的税收风险点

（四）账簿上不列、不及时、少列收入税收风险点

（五）销售费用的税收风险点

（六）相关税收优惠的税收风险点

六、医药生产企业税务风险成因

（一）内部管理缺陷

（二）外部税收政策与监管环境变化

七、医药生产企业税务合规建议

（一）建立内部税务合规培训机制

（二）加强推广商审查与合同管理

（三）加强发票合规管理

（四）积极应对税务检查

（五）及时采取税务救济手段

（六）聘请税务专业人士

八、明税观察

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