四、医药生产企业十大典型税务案例

案例一：四川云亳堂药业虚假中药材采购虚开发票案

2024年10月，国家税务总局通报了一起四川绵阳税警联合查处医药企业虚开增值税发票案件。

该案由国家税务总局绵阳市税务局第三稽查局联合公安经侦部门于2024年查处，涉案主体四川云亳堂药业有限公司被犯罪团伙实际控制，在无真实业务背景下，通过编造虚假中药材采购链条，伪造上游医药公司及农业合作社交易记录，并支付“开票费”，从而非法取得虚开的增值税专用发票和农产品收购发票1300余份，违规抵扣税款，涉案金额累计超亿元。

税务机关依据《发票管理办法》第二十二条及《刑法》关于虚开发票罪的规定，认定其行为构成虚开增值税专用发票、用于抵扣税款发票罪。最终该公司被判处罚金40万元，夏某、魏某等4名主犯分别被判处3至11年有期徒刑，并处罚金合计10万元，没收违法所得50万元，同时对上游虚开违法行为作另案处理。

案例二：贵州某药业虚构中药材采购虚开发票及少计收入偷税案

根据《黔税稽罚﹝2024﹞1号》行政处罚决定书披露，贵州某药业有限公司因长期系统性虚开农产品收购发票及隐匿收入被税务机关重罚。该企业违法行为始于2015年9月并持续至2022年，在长达八年的时间内，通过伪造记账凭证并虚构中药材采购业务，套用刘某菊、罗某涛等七名自然人的身份信息开具品目为“中草药材”的农产品收购发票44,616份，价税合计金额高达43.13亿元，并违规抵扣增值税进项税额2,986.34万元。税务机关调查明确，被套用身份的七名自然人既未实际种植或出售相关中药材，也从未与健兴药业发生过任何真实交易，其身份完全被用于构造虚假采购链条。

在违法手段上，该药业不仅精心设计了虚假的交易链条，包括伪造采购合同、农户身份信息及资金流水等配套资料，还利用了2018年9月前农产品收购发票实行“自开自抵”政策的监管漏洞进行集中虚开抵扣。此外，该公司在2019年12月至2022年12月期间，还将部分未开票销售收入通过财务账上的“待处理财产损益”科目挂账处理，隐匿了应税收入以逃避纳税义务。

针对上述行为，税务机关依据《发票管理办法》第二十二条关于虚开发票的定义及《增值税暂行条例》第九条禁止抵扣不合法凭证进项税额的规定，最终认定健兴药业的全部违法行为构成偷税。鉴于其违法持续时间横跨8年、涉及金额巨大、主观采用系统性造假手段且性质恶劣，除被追缴全部少缴税款2,986.34万元并加收滞纳金外，还被处以4,588万元的高额罚款。

案例三：上海某生物医药虚报研发费用加计扣除偷税案

2024年10月，国家税务总局网站通报了一起税案。上海市税务局第五稽查局通过精准分析线索，发现了上海某生物科技有限公司的税务问题。该公司通过虚构委托外包研发项目等手段，虚报研发费用加计扣除。这种行为违反了税收相关法律法规，导致国家税收流失。经查明，该公司偷税金额达206万元。

上海市税务局第五稽查局依据《中华人民共和国企业所得税法》《中华人民共和国税收征收管理法》等相关规定，对上海同腾生物科技有限公司依法追缴税款、加收滞纳金，并作出罚款处罚，三项金额共计376万元。

案例四：黑龙江某华医药企业虚构交易虚开发票偷税案

2024年1月，国家税务总局哈尔滨市税务局稽查局发布了一则关于对黑龙江省某华医药有限责任公司送达税务文书的公告。在该公告中，详细地披露了某华医药系统性虚开增值税发票及偷税行为的细节。并且，该企业因上述税收违法行为被国家税务总局哈尔滨市税务局稽查局重罚。

通过支付开票（管理）费方式与西藏某健医药、四川省某草医药等第三方空壳公司构建虚假交易链：先以空壳公司名义与药厂签订低价采购合同，由药厂将药品直发至天华医药仓库，再伪造空壳公司高价转售给某华医药的交易流程，累计取得虚开增值税专用发票3,703份（价税合计4.23亿元），违规抵扣增值税进项税额6,139万元。为掩盖违法事实，某华医药设计资金闭环操作——将底价药款经空壳公司周转支付给药厂后，再将虚高部分汇至空壳公司形成2.59亿元资金回流。同时，通过隐匿41.5万元销售收入、虚列730万元成本费用（含伪造74份发票）及虚假申报逃避房产税、土地使用税等配套手段偷逃税费。

针对该企业通过实施不具有合理商业目的的购销活动安排，取得虚开的增值税专用发票抵扣增值税进项税额及税前扣除、通过销售货物不列（少列）收入、多列支出（成本）、虚假申报等手段，造成不缴少缴税款的行为，税务机关依据《发票管理办法》第二十二条及《税收征管法》第六十三条，认定其虚开发票、偷逃增值税及附加税费、企业所得税等合计1.14亿元的行为构成偷税，最终处以虚开行为顶格罚款50万元，并对偷税行为按少缴税款的50%比例从重罚款5,556.8万元。

案例五：朗×医药科技取得虚开普票被追缴税款并处罚款加收滞纳金案

知×药业于2023年4月13日发布公告，披露子公司朗×医药科技2016-2018年期间取得的10家单位开具的43份发票被税务机关认定为虚开，造成少缴2018年度企业所得税9.84万元。被稽查局追缴税款并处0.6倍罚款计5.9万元，并加收滞纳金。

该药业于后续公告中补充披露，在早期开展业务时，由业务人员负责推广业务的开展，朗某医药科技对业务人员提供的发票、合同及合同附件等凭证进行审查后向业务人员报销相关推广费用。基于上述背景，2016年10月至2018年5月期间，朗某医药科技的部分业务人员在各地开展推广业务时，从个别酒店管理公司、咨询公司等基于业务展开需求申请开具了部分差旅费、咨询费等费用的增值税普通发票。上述个别公司因其自身原因被税务机关处罚，继而业务人员向朗某医药科技提供的该等公司开具的发票被税务机关认定为违法开具。

从以上公告可以看出，虽然业务人员开展的推广业务系真实发生，但是报销的发票虽存在不规范的情况，仍会被税务机关稽查。

案例六：上海心×医疗因未填报高企年度报表被取消资格补税案

2024年12月3日，上海微创心×医疗科技（集团）股份有限公司发布关于收到税务事项通知书需补缴税款的公告。根据公告，2024年11月29日，浦东新区税务局第二税务所依据取消高新技术企业资格公告向公司发出《税务事项通知书》，因公司被取消高新技术企业资格，税务机关按规定追缴公司自不符合认定条件年度起（即2023年）已享受的税收优惠，并要求缴纳滞纳金。

心×医疗称，经公司初步测算，需补缴的税款及滞纳金合计约为6000万至7000万元，对净利润的影响预计占公司最近一个会计年度经审计净利润的10%以上，最终对公司2024年损益的影响将以2024年度经审计的财务报表为准。对通知书要求的税款及滞纳金，公司将予以补缴。

对于导致公司被取消高新技术资格的原因，公告中声明是“公司累计两年（2021年、2022年）未填报企业年度发展情况报表被取消高新技术企业资格，取消起始年度为2023年”。

案例七：深圳D药业通过科目错配隐匿广宣费支出偷税案

2024年4月，中国税务报发布一篇名为《同行大量投放广告为何这家药企广告费用寥寥》的报道。根据报道，国家税务总局深圳市坪山区税务局根据税收风险分析时发现的企业费用疑点，对D药业公司实施税收核查，确认该企业因对税法中广告费和业务宣传费(以下简称广宣费)税前扣除规定理解有误，导致核查年度企业错误列支广宣费，少申报缴纳企业所得税。坪山区税务局依法要求D药业公司调整税前列支费用、调增应纳税所得额，并作出补缴企业所得税、加收滞纳金121万元的处理决定。

2023年，国家税务总局深圳市坪山区税务局通过大数据分析发现辖区D药业公司2020—2022年销售费用占营业收入比例畸高（81.61%、76.31%、65.37%），但广告及业务宣传费（广宣费）占比异常低下（仅0.04%-0.15%），进一步穿透核查发现该企业将实质用于产品推广的综合商务服务费2,890万元计入“其他”费用科目，其发票品目为“现代服务推广服务费”，对应上游企业提供的医院渠道维护、连锁药店推广等服务，但企业以合同无“广告”字样为由拒绝归入广宣费科目，意图规避医药制造企业广宣费不得超过营业收入30%的税前扣除限制；税务机关依据《广告法》第二条“商业宣传”实质认定标准及税法实质重于形式原则，穿透合同内容证实相关服务均以产品推广为目的，判定企业通过科目错配隐匿超额广宣费支出，造成少缴企业所得税，最终依法调增应纳税所得额，追缴税款及加收滞纳金合计121万元。

本案核心警示，医药企业利用费用分类造假逃避税基监管的“形式合规”手段，已被税务机关通过业务实质穿透性核查精准识别，行业稽查重点从票据真实性转向业务实质匹配性。

案例八：拟上市药企A公司取得虚开推广发票补税案

在新浪财经的一篇名为“‘两票制’后，警惕部分药企虚开风险”的报道中揭示了一个某拟上市药企因推广服务外包的第三方合规性缺失而被税务机关认定为取得虚开发票进而补税的案件。

2021年9月，某拟上市药企A公司在其《首次公开发行股票招股说明书》中，披露了该公司因取得虚开增值税普通发票被要求补缴相关税款、滞纳金的情况。该公司委托沈某负责X区域的产品市场策划及业务推广活动。由于药企原则上不与个人推广商开展业务合作，沈某便以S公司名义，与药企A公司签订了《市场推广服务协议》。S公司完成推广服务并经过验收后，药企A公司便向S公司支付了服务费用，并取得了由S公司向其开具的服务费增值税普通发票。

根据企业所得税法第八条规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。因此，药企营销成本税前列支首先必须满足实际发生，与取得收入有关且合理这三个实体性要件。成本的实际发生，应当由企业承担证明责任。同时，根据《国家税务总局关于发布〈企业所得税税前扣除凭证管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2018年第28号）相关规定，药企必须满足取得增值税发票作为税前扣除凭证这一形式要件。

经查，S公司为虚假注册企业，且在纳税申报后直接走逃，遂认定A公司为取得虚开增值税普通发票，A公司补缴了相关税款和滞纳金。因为A公司存在实际发生的市场推广服务成本，未被定性为偷税行为。

案例九：C医药制造企业过期药损失直接税前列支案

该案件由《中国税务报》于2017年8月14日《五个典型案例揭示药企常见税务风险》专题报道中披露。

在对C企业进行检查时，检查人员发现C企业每年都销毁大量的经检验不合格或超过保质期的原料、产成品和过期药品，企业在账务上直接作为资产损失扣除处理，相应存货的进项税金未作转出。进一步检查发现，企业资产损失清单申报材料中没有药监部门和专业技术鉴定部门的证明资料，其他相关的内部资料也不完备。

对此，C企业负责人解释，按照增值税暂行条例实施细则第二十四条规定，非正常损失指因管理不善造成被盗、丢失和霉烂变质的损失。他们税前列支的药品是由于过保质期和商品滞销等原因被销毁处理的，是正常损耗，不属于非正常损失，因此不需要作进项税额转出处理。

检查人员认为，对照增值税暂行条例实施细则的规定分析，虽然制药企业销毁过期存货是遵循质量管理的要求，但此类销毁不完全等同于条例细则中所说生产经营中的合理损耗。这里的合理损耗一般指工艺损耗或保管中的自然挥发等合理的自然损耗。C企业出现较大批量的过期存货，不排除经营管理不善的原因，应该认定为非正常损失。与此相对应，这些损失不能直接税前列支。

案例十：A药企八亿餐费伪装会议费偷税案

该案件由《中国税务报》于2017年8月14日《五个典型案例揭示药企常见税务风险》专题报道中披露。

某税务机关对大型医药制造企业A企业开展例行检查，发现该企业“销售费用”下的二级科目“会议费”列支金额占其“销售费用”70%以上。经过进一步调查，稽查人员发现，企业员工在“会议费”中报销的餐费，竟占该二级科目金额的80%以上，而与会议相关的场地、交通、住宿和设备租赁等费用合计不到20%。检查人员按照该企业年均会议费发生额估算，该医药企业近3年的餐费竟高达近8亿元，直接将50%的药品制造毛利率水平拉低了近20个百分点，对此，检查人员提出了质疑。

该企业负责人解释，此类会议是由本企业医药代表或营销人员组织，由医疗卫生专业人士参加的，旨在向与会人士提供产品信息或学术及医教信息。费用包括场地设备租金、交通费、住宿费和会议餐费等。之所以餐费占比过高，主要是此类会议大多为小型学术会议，召开地点大多在医疗机构附近的餐馆。虽然形式上是用餐，但实质是借用餐馆场地向被邀请的医生介绍产品的药效和临床经验等，属于与经营相关的正常业务宣传，不属于业务招待，因此在申报纳税时做了全额列支处理。

检查人员认为，虽然餐费并不等同于业务招待费，更不能简单地理解其与正常经营无关。但是，被查企业以餐费发票作为核算会议费的报销凭据，会议的真实性难以解释。同时，企业邀请函上注明的会议地点均在医院科室内部，举办时间在正常办公时间内，但餐费的刷卡支付凭单中的时间基本为晚餐时间。另外，当检查人员试图向被邀请的医院科室求证时，均无法取得第三方能够证明会议真实性的证据资料。

五、医药生产企业六大税务风险点

医药企业在经营中面临复杂的税务风险，尤其在当前高压监管环境下，以下六大税务风险点需要高度警惕。

（一）采购农产品增值税抵扣的税务风险点

农产品采购是医药企业生产运营的关键枢纽，尤其对中药饮片加工、中成药制造、疫苗生产等企业而言，因其对天然植物原料、生物发酵底物及药用辅料的需求庞大，使得该环节成为税务风险的高发区。

根据《财政部税务总局海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》规定，目前购进农产品计算进项税额的最新政策如下：一般规定：自2019年4月1日起，纳税人购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。其计算公式为：进项税额=买价×9%。特殊规定：如果纳税人购进农产品用于生产或者委托加工13%税率货物，则在生产领用当期，再加计抵扣1个百分点，即按照10%的扣除率计算进项税额。

目前，有一部分省份的医药企业被纳入了农产品增值税进项税额采取核定扣除办法的范围之内，例如，根据《国家税务总局陕西省税务局关于在中药材生产加工行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的公告》，陕西省自2018年12月1日起，以购进中药材（初级农产品）为原材料生产加工中药饮片、中成药、中药配方颗粒、中药提取物、中药原料药和经典名方等医药产品的增值税一般纳税人，适用农产品增值税进项税额核定扣除政策。核定方法具体包括投入产出法、成本法和参照法。

但是大部分省市的医药企业收购农产品抵扣增值税还是采取凭票抵扣和凭自行开具的农产品销售发票或收购发票计算抵扣的方式抵扣。针对上述抵扣方式，存在以下四项涉税风险：

第一，反向开票不规范。在开票对象上，农产品收购发票只能向农业生产者个人收购免税农产品时开具。如果错误地向非农业生产者个人，如个体工商户、农产品经销单位等开具收购发票，或者在未核实清楚销售方身份的情况下就开具发票，会导致发票不符合抵扣规定，面临进项税额不得抵扣、甚至被认定为虚开发票的风险。在开票内容上，由于收购发票是企业自行开具，部分企业为了多抵扣进项税额，存在虚增收购数量、抬高收购价格等情况，或者未如实填写农产品的名称、规格等信息。其中，值得强调的一点是，收购过程中的人工费、运保费、装卸费等其他费用是不能计入收购价格，这种行为属于偷税漏税，一旦被税务机关查实，将面临严重的处罚。

第二，货物来源未核查清楚。如果收购的农产品并非是农业生产者自产的，而是从批发、零售环节购进的，开具的收购发票是不得作为计算抵扣进项税额凭证的。企业如果错误地进行了抵扣，就会产生税务风险。

第三，没有留存备查资料。纳税人应按规定妥善保管相关原始凭证以备查验，如农业生产者的身份证复印件、收购农产品的过磅单、入库单、收付款凭证等，以证明业务的真实性。如果没有留存这些资料，可能会被税务机关认定为虚构业务虚开。

第四，没有将购进同时用于简易计税项目和一般计税项目的农产品分别核算。增值税一般纳税人生产销售和批发、零售抗癌药品、罕见病药品，可选择按照简易办法依照3%征收率计算缴纳增值税。同时，用于简易计税方法计税项目的购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产，其进项税额不得从销项税额中抵扣。如果医药企业购进的农产品既用于一般计税项目，又用于简易计税项目，未分别核算的话，那么按照规定，就需要将用于简易计税项目部分对应的进项税额进行转出。若企业未及时转出，一旦被税务机关发现，就需要补缴税款，还可能会被加收滞纳金。

（二）研发费用加计扣除的税务风险点

医药行业作为典型的技术密集型产业，其研发活动具有周期长、投入高的显著特点，这使得行业对税收优惠政策存在较强依赖以缓解资金压力。

研发费用加计扣除政策规定：自2023年1月1日起，企业开展研发活动中实际发生的研发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按规定据实扣除的基础上，再按照实际发生额的100%在税前加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的200%在税前摊销。企业享受优惠事项采取“自行判别、申报享受、相关资料留存备查”的办理方式，因此这一政策在激励创新的同时，也因税务处理的复杂性带来了一定风险。医药企业可能因政策理解偏差或操作疏漏触发稽查，具体风险点集中于研发费用归集口径的非故意混淆。

在自行研发费用归集环节，研发活动与常规生产经营活动的边界界定模糊是首要风险。部分企业将生产设备维护费、药品常规质量检测费等计入研发费用，但是，根据财税〔2015〕119号文，“常规性技术升级”与“直接应用现有成果”不属于研发活动范畴，研发活动需满足创新性、系统性、不确定性的要素要求。

进一步，在具体的研发费用构成里，“人员人工费用”归集不实和“其他相关费用”问题较为突出：如，将非直接参与研发活动人员（高管、行政人员)工资计入研发费用；对兼职研发人员未按实际工时分配工资而全额计入；误将职工福利费等归入人工费用（此类支出应纳入“其他相关费用”并受10%比例限制）;“其他相关费用”，如通讯费、差旅费，超过可加计扣除研发费用总额10%。

此外，值得注意的是，在研发活动中，有一些收入是需要在适用加计抵减政策时冲减加计抵减基数的，如研发样品销售收入、研发废料处置收入、财政专项补贴等特殊收入。如果企业没有将这些特殊收入在加计抵减基数中扣除，可以会被追缴税款及加收滞纳金。

委托研发费用归集环节的风险则与限额加计扣除和证据链完整性密切相关。如果是委托境内研发，企业应该按实际支付费用的80%计入加计扣除基数。但常因委托合同未按规定经科技部门登记而丧失扣除资格。此外，若知识产权归受托方所有，委托方亦不得享受加计扣除。而且企业在享受委托研发加计扣除时，应留存委托合同、付款凭证、研发成果交付证明等证据链，如果未留存以上证据，有可能被税务机关追缴税款。如果是委托境外研发，加计扣除基数为实际发生额的80%，且不得超过境内符合条件研发费用的三分之二。但是，企业常因未完成技术合同登记、未留存跨境支付凭证及外方研发资质文件而被认定虚列费用；此外，若受托方为关联企业，还需证明费用分摊符合独立交易原则，避免因关联交易定价不合理引发风险。

以上这些风险的核心在于企业对研发费用归集的政策细节理解不到位，以及证据链管理的疏漏，即便主观无逃税意图，仍可能因操作合规性不足触发税务稽查。

（三）资产损失处理的税收风险点

药品关乎国民健康，国家要求药企必须执行GMP药品生产质量管理规范。在此严格要求之下，医药企业在生产经营中面临原材料变质不合规、药品过期强制销毁等资产损失的概率显著高于一般行业。但是，无论是增值税还是企业所得税，关于资产损失的税务处理都是较为复杂的。如果医药企业没有按照规定进行处理，就会产生涉税风险，从未造成需要补缴税款及滞纳金甚至被行政处罚的危险局面。

在增值税方面，依据《增值税暂行条例》第十条，将损失分为正常损失和非正常损失。前者对应的进项税额可抵扣，后者则需作进项转出。医药企业常因混淆二者而错误转出或未转出，从而面临补税、滞纳金及0.5-5倍罚款。

关于药品过期的增值税处理，《安徽省国税局关于若干增值税政策和管理问题的通知》（皖国税函[2008]10号）中就关于存货进项税额转出问题研究并请示国家税务总局，明确规定：纳税人因库存商品已过保质期、商品滞销或被淘汰等原因，将库存货物报废或低价销售处理的，不属于非正常损失，不需要作进项税额转出处理。也就是说，医药企业的药品因为正常有效期到期需要销毁的，属于正常经营损失，无需作进项税额转出。但是如果是因管理不善，如库存积压、未及时轮换，导致的药品过期，是属于非正常经营损失，需作进项税额转出。由此引发一个问题，如何证明是正常有效期到期，而不是因管理不善导致过期呢？医药企业需要保存药品有效期台账、销毁视频、管理层审批单等证据来应对这个争议。如果是保管不当造成的损失，如药品被盗、霉变、运输损坏等，属于“非正常损失”，需作作进项税额转出。

在企业所得税方面，根据《企业资产损失所得税税前除管理办法》（国家税务总局公告2011年第25号），损失分为实际资产损失（已实际处置，如固定资产报废）和法定资产损失（未处置但符合法定条件，如坏账损失）。医药企业主要风险点在实际资产损失方面。首先，需要明确哪些是可以税前扣除的，哪些是不可以税前扣除的。可以税前扣除的损失情形如下：对于实际发生的损失，需提供充分证据，如过期药品销毁记录、第三方鉴定报告；对于研发设备损毁造成的研发失败损失，根据《国家税务总局关于研发费用税前加计扣除归集范围有关问题的公告》（国家税务总局公告2017年第40号）中规定失败的研发活动所发生的研发费用可享受税前加计扣除政策，因此该未形成无形资产的研发失败损失也是可100%加计扣除；等等。不可扣除的情形具体如下：未按规定备查的资料，如缺乏损失原因说明、内部审批文件、公安机关报案记录、责任认定书等证据；行政处罚导致的损失，如因违规被没收、销毁的药品；关联方交易不公允的损失等。其次，实际资产损失需在发生年度扣除，未及时扣除的话可以追补至损失发生年度，但是最长不超过5年。

（四）账簿上不列、不及时、少列收入税收风险点

医药企业在收入确认环节面临复杂的涉税风险，尤其在“两票制”改革、电商渠道扩张及多元化营销策略背景下，账簿上不列、不及时、少列收入的操作疏漏易触发税务稽查。

首先是收入收取账户不合规引发的隐匿风险。第三方支付工具的普及使医药企业收入隐匿形式更趋隐蔽，部分企业通过微信、支付宝等渠道收取零售药款后直接转入个人账户，或利用员工账户分流线上销售收入，规避对公账户监管。根据《企业所得税法》第六条及《税收征收管理法》第十七条，此类操作因资金流脱离企业账簿构成收入不入账的典型违规。某连锁药企因将线上平台销售的800万元款项滞留个人支付宝账户超过12个月，被认定为故意隐匿收入，追缴税款并处0.8倍罚款。进一步，更深层风险在于，若个人账户收款对应销售已开具增值税发票，将形成“资金流与发票流分离”，可能被推定虚开发票。

其次是收入确认时点错配导致的滞纳风险。“两票制”改革要求药企与医疗机构之间的交易只能通过单一的药品经销商进行，使得药品流通环节得到显著简化。这一改革推动医药企业转向直销模式，在这一模式下，医药企业收到货款周期普遍延长至6个月以上。但是部分医药企业会简单地认为收到货款时才需要确认收入，同时也会混淆增值税与企业所得税的纳税义务发生时间规则。在增值税层面，根据《增值税暂行条例》第十九条，赊销方式下纳税义务发生时间为为书面合同约定的收款日期的当天，无书面合同的或者书面合同没有约定收款日期的，为货物发出的当天。在企业所得税层面，采用预收款方式销售的应该在发出商品时确认收入，部分医药企业可能会将已收款但未开票的销售长期挂账“预收账款”，导致应税收入递延违规。

最后是视同销售处理疏漏造成的少列风险。医药企业为激励经销商或医院采购，常采用销售返点、实物折扣等方式。对于销售返点行为，需要按照规定折扣发票。对于实物折扣行为，在增值税方面，医药企业需要根据《增值税暂行条例实施细则》的规定，进行视同销售处理，按同期同类价格确认销售额。在企业所得税方面，如果企业以买一赠一、捆绑销售等方式组合销售本企业药品的，不属于捐赠行为，无需视同销售；如果实物折扣不符合组合销售定义，则需按《企业所得税法实施条例》第二十五条处理，将货物用于捐赠、赞助、样品等用途，因资产所有权转移，需按公允价值视同销售确认收入。另外，在试验阶段，部分医药企业会提供给医疗机构试验用药，样品药。实务中部分医药企业会进行以下错误处理，导致面临税务风险：对临床试验用药品仅按成本价核算，未按市场价计提销项税；对免费提供给医疗机构的样品药，未参考“最近时期同类货物平均销售价格”核定收入，而是直接采用成本加成法，导致计税价格明显偏低。

（五）销售费用的税收风险点

医药市场作为典型的买方市场，长期呈现高销售费用密集型特征。在“两票制”改革驱动下，药品流通环节大幅压缩，原本由经销商承担的销售及推广费用加速向制药企业出厂环节转移，导致药企销售费用率持续攀升。在此背景下，学术推广、会议咨询等费用真实性成为税务监管焦点，在实务中，医药企业因CSO模式虚开发票、广宣费科目错配、佣金支付合规性缺位等操作疏漏，易触碰稽查红线。

首先是CSO（合同销售组织）模式下的费用真实性风险。CSO公司作为医药企业委托推广的常见载体，其费用列支易因“形式合规、实质虚增”引发风险。其核心矛盾在于：企业向医药代表支付佣金或隐性推广费用时，常借助CSO开具“推广服务费”发票入账，却因未严格审核业务真实性，导致虚构服务链条与资金回流风险。例如，部分企业与CSO签订虚假推广合同后，资金经CSO私户回流至药代或关联方账户，形成“公转私—回流”闭环，且未留存会议签到表、现场照片等证明材料，被税务机关直接认定业务虚假。如重庆某药企因CSO虚开会议发票被罚，企业书面承认“未实际举办会议”。此外，上游CSO若为税收洼地空壳公司（如参保人数为0、无实际经营地址），其虚开行为暴露后，药企作为受票方会被强制转出进项税额并调增应纳税所得额，如内蒙古60亿元虚开案中22家药企受牵连。资金流向监控失效亦为关键风险，某药企向CSO支付380万元“推广费”后，资金被转至医院负责人账户用于商业贿赂，税务机关通过银行流水追踪，认定企业通过虚开发票转移资金，最终追缴税款并处0.5倍罚款。此类风险的本质在于，企业对CSO服务的“形式合规”与“实质合规”要求理解不足，仅关注合同签订而忽视服务轨迹核查，最终因证据链缺失或资金异常触发稽查。

其次是广宣费列支的科目错配风险。医药企业广宣费需遵循“不超过当年销售（营业）收入30%”的扣除限额，但部分企业由于对广告宣传费的具体范围不了解而错配科目，导致面临补税的税务风险。此类风险的核心在于企业对广宣费“实质重于形式”的认定标准理解不足，单纯以合同文字表述而非服务内容界定科目属性。此外，会议费与业务招待费的边界混淆亦为高频风险场景。某大型药企“会议费”占销售费用比例达70%，其中80%为员工报销餐费，且会议时间与地点存在矛盾（邀请函注明医院科室办公时间，餐费支付却为晚餐时段），又无法提供第三方参会证明材料，最终被认定为“以会议名义列支业务招待费”，调增应纳税所得额8亿元并补缴税款2亿元。此外，咨询费列支中，部分企业向关联方支付“市场调研费”等费用时，未留存咨询报告、调研数据等成果文件，因缺乏业务实质支撑被认定为虚列费用。这些风险均反映出企业在费用科目归类时，过度依赖发票品目或合同形式，忽视对业务实质的穿透核查，以及证据链完整性管理的重要性，最终因科目错配引发税务稽查。

最后是佣金与回扣的合规性边界风险。医药企业支付给经销商或个人的佣金需符合《财政部国家税务总局关于企业手续费及佣金支出税前扣除政策的通知》（财税〔2009〕29号），但实务中常因“支付对象不合法”“比例超限”触发风险。而且，如果是个人推广员支付佣金，企业还需要履行代扣代缴义务，否则会被处以50%至3倍的罚款。更敏感的风险在于“回扣资金体外循环”，如某企业通过员工个人账户向医生支付“处方费”，资金流与发票流脱节，被认定为商业贿赂并移送司法机关。

（六）相关税收优惠的税收风险点

医药行业作为国家重点扶持的战略性新兴产业，享受着较为丰富的税收优惠政策，主要包括高新技术企业15%企业所得税优惠税率、“公司+农户”经营模式下农产品初加工收入免税等。这些政策在降低企业资金压力的同时，也因政策适用条件复杂、业务场景特殊，使企业因政策理解偏差或操作细节疏漏陷入税务风险。

首先是高新技术企业认定的税收合规风险。高新技术企业认定涉及研发人员占比、研发费用归集、知识产权取得等多维度指标，企业常因指标核算不规范或材料报送瑕疵触发风险。根据《高新技术企业认定管理办法》，企业需满足研发人员占比不低于10%、近三年研发费用占销售收入比例达标等条件，但部分企业在人员统计时将行政岗、生产岗等非研发人员误计入研发团队，或未按实际工时分配兼职研发人员薪酬，导致人员结构不符合要求。在研发费用归集环节，企业易将生产设备日常维护费、常规质量检测费等非直接研发支出计入研发费用，或未按《高新技术企业认定管理工作指引》要求分项目建立费用台账，导致研发费用占比不达标。更隐蔽的风险在于未及时报告重大变更，如某企业并购后母子公司研发人员混同，导致核心知识产权归属不清，被认定不符合“自主知识产权”要求。此外，企业须每年5月底前填报《高新技术企业年度发展情况表》，连续两年未报即触发资格复核。

其次是“公司+农户”经营模式的税收操作风险。“公司+农户”模式作为医药企业中药材种植环节的常见组织形式，享受农产品初加工收入免税及农产品收购发票抵扣政策，但部分企业因虚构交易链条或凭证管理缺失引发稽查。这一风险的本质在于，企业对优惠政策的“形式合规”与“实质合规”要求理解不充分，仅关注政策表面条件而忽视操作细节。根据《关于发布〈企业所得税优惠政策事项办理办法〉的公告》（国家税务总局公告2015年第76号），该模式需满足“企业提供种苗、技术指导，农户负责种植，产品由企业统一回收”的实质要件。部分企业通过私人账户向“农户”支付“收购款”后，资金经关联方回流至企业，形成虚假交易闭环。这一做法违背了资金流与业务流的真实性，可能会引发税务机关对优惠资格的重新核定。或在发票开具时未注明中药材具体品种、种植地块、收购数量等细节，导致发票内容与实际业务脱节。企业若将中药材粗加工（如切片、烘干）以外的深加工环节收入混入免税收入，可能被认定为违规享受优惠。此外，税收优惠备案与留存备查资料的完整性至关重要，根据《企业所得税优惠事项管理目录》，“公司+农户”模式需留存农户名册、种植协议、收购凭证等资料至少10年。

*本文摘自于《整治风暴下，医药企业税务合规指引（2025版）》，下一期将更新第六、七分内容“医药生产企业税务风险成因“、“医药生产企业税务合规建议”。