前言
近年来，医药行业监管持续升级，整治风暴与税务稽查双线并进，医药生产企业面临前所未有的合规挑战。随着“两票制”“金税四期”等政策的深化落地，以及国家层面对医药购销领域“一药双价”、“带金销售”、“虚开发票”“商业贿赂”等乱象的严厉打击，传统粗放式经营模式已难以为继。税务合规不仅是企业生存的底线，更是其实现可持续发展的核心竞争力。
本报告旨在为医药生产企业提供系统性税务合规指引，助力企业在高压监管环境下识别风险、优化管理、构建合规体系。报告立足最新政策动向与典型案例，深入剖析医药企业典型税务风险成因，并结合实务经验提出可落地的解决方案。通过解读虚开发票、偷税漏税等高频稽查案例，警示企业避免踏入“六大税务风险雷区”；同时，从内部培训、推广商管理、发票合规、检查应对、法律救济及专业支持六方面，构建覆盖事前预防、事中控制、事后补救的合规体系，助力企业防范税务风险，保障合法经营。
对医药生产企业而言，税务合规不仅关乎法律责任的规避，更涉及商业信誉的维护与市场地位的巩固。一方面，合规经营可大幅降低因税务处罚、刑事追责导致的巨额经济损失和声誉损害；另一方面，规范的业务模式有助于企业在行业洗牌中脱颖而出，赢得监管机构的信任，为长期健康发展奠定基础。尤其在数字化监管时代，全流程留痕、四流合一的合规要求，倒逼企业加速数字化转型，推动行业从“灰色生存”向专业化、透明化转型。
明税律师近年为多家医药生产企业、贸易企业、CSO公司等提供了有关税务稽查听证、复议、行政诉讼和涉税刑事辩护方面的服务。本报告凝聚明税律所实务经验与政策研判，期望为医药企业提供前瞻性指引，助其化挑战为机遇，在合规框架下实现高质量发展。
一、医药生产企业及发展概况
（一）医药行业与医药生产企业
广义的医药行业分为医药工业、医药商业和医疗服务业三大组成部分。其中，医药工业包括化学制药工业（包括化学原料药业和化学制剂业）、中成药工业、中药饮片工业、生物制药工业、医用材料及医疗用品制造工业、医疗器械工业、制药机械工业等八个子行业。
从狭义上看，医药行业仅包括医药产品的生产环节，即医药制造业。
本报告仅涉及狭义的医药生产企业。
（二）医药行业产业链
（三）2024年中国医药行业发展概况
2024年是实现“十四五”规划目标任务的关键一年。面对复杂严峻的形势，国家部署出台一揽子增量政策，国民经济运行总体平稳。医药工业主要经济指标持续回升，和2023年相比降幅显著收窄全行业积极应对市场环境变化，加快结构调整，新增长动能加速壮大，高质量发展取得新成效。在行业整体增长放缓、利润下降的背景下，企业普遍经营承压，亏损企业增多。
在行业整体增长放缓、利润下降的背景下，企业普遍经营承压，亏损企业增多。据统计，2024年规模以上医药工业企业中亏损企业占到 27.5%，同比增长11.5%，但亏损总额同比收窄6.5%。很多医药工业龙头企业出现增长放缓、利润下降的情况。根据A股上市公司2024年前三季度财报信息综合来看，产品组合较为丰富的综合性大企业多数保持了较好增长，特别是仿创结合企业;产品结构相对单一的原料药企业、仿制药企业，受核心产品竞争和集采的影响业绩分化严重;中药领域利润下滑的企业数量多、金额大。
在行业整体增长放缓、利润下降的背景下，企业普遍经营承压，亏损企业增多。据统计，2024年规模以上医药工业企业中亏损企业占到 27.5%，同比增长11.5%，但亏损总额同比收窄6.5%。很多医药工业龙头企业出现增长放缓、利润下降的情况。根据A股上市公司2024年前三季度财报信息综合来看，产品组合较为丰富的综合性大企业多数保持了较好增长，特别是仿创结合企业;产品结构相对单一的原料药企业、仿制药企业，受核心产品竞争和集采的影响业绩分化严重;中药领域利润下滑的企业数量多、金额大。
二、医药领域不正之风整治与税务监管
自2009年新医改启动以来，国家以“保基本、强基层、建机制”为核心，通过药品带量采购、医保支付改革等举措，着力破解“看病难、看病贵”难题。与此同时，多部门联合行动持续深化，严打医药购销领域虚开发票、虚假交易、商业贿赂等乱象。2024年数据显示，医疗领域职务犯罪起诉人数同比激增1.6倍，整治成效显著。2025年，中纪委明确将医药领域列为反腐重点，强调深化体制改革与协同治理，从根源上铲除腐败土壤，为行业长远健康发展筑牢防线。
在医疗领域不正之风整治持续推进的背景下，税务监管持续加强。
（一）新医改的目标和定位
中国幅员辽阔、人口众多，区域发展不平衡。具体到医疗卫生领域，医疗体系长期存在看病难看病贵、医患矛盾频发、体系内寻租和资源配置不均衡等问题。2009年，中共中央、国务院出台《关于深化医药卫生体制改革的意见》，架起“四梁八柱”，确立“保基本、强基层、建机制”的基本原则，新一轮医改自此起步。
新一轮医改坚持以人民为中心、“健康优先发展战略”，强调和突出公立医院的公益性。伴随医药卫生体制改革的深入，一些列改革措施陆续推出，包括设立国家医保局、药品耗材集中带量采购、医疗服务价格动态调整、医保支付方式改革，人事薪酬制度等。为深化和推动医疗卫生领域体制改革，国家持续加强对医疗行业的整顿，采取了包括创新行业监管手段，尤其是加强穿透式监管，整治医疗系统腐败问题等措施。
（二）不正之风整治
2009年新医改至今，九部门组成的部际联席工作机制成员单位每年都会发布有关“纠正医药购销领域和医疗服务中不正之风”的通知。2023年起，部际联席工作机制调整到位，九部委升级为十四部委，国家卫生健康委、公安部、审计署、财政部、国家税务总局等均在其中。
2023年5月，十四部委联合发布《关于印发2023年纠正医药购销领域和医疗服务中不正之风工作要点的通知》（国卫医急函〔2023〕75号）。该文件载明，“行业组织存在的不正之风，重点是各级各类行业组织或学（协）会在工作或推进业务主管部门委托事项过程中的不正之风问题，尤其是以“捐赠”、学术活动、举办或参加会议等名义变相摊派，为非法输送利益提供平台，违规接受捐赠资助等问题。医药产品销售采购中的不正之风，重点是医药产品销售过程中，各级各类医药生产经营企业及与之关联的经销商、医药代表，以各种名义或形式实施“带金销售”，给予医疗机构从业人员回扣、假借各种形式向有关机构输送利益等不正之风问题；以及在药品、医用耗材集中带量采购中，不履行采购合同，包括拒绝执行集采中选结果、对中选产品进院设置障碍、采购高价非中选产品或临床可替代产品、违规线下采购等问题。”
2024年，十四部委联合发布了一项重要文件——《关于印发2024年纠正医药购销领域和医疗服务中不正之风工作要点的通知》（国卫医急函〔2024〕101号）强调，“打击医疗器械过票加价洗钱行为”、“聚焦虚开发票、虚假交易、虚设活动等形式违规套取资金用于实施不法行为，保持打击高压态势。严查假借各类会议、捐赠资助、科研合作、试验推广等形式捆绑销售、‘带金销售’中的违法违规行为”、“进一步完善公立医疗机构药品采购‘两票制’政策，规范药品流通秩序，加大监管和打击力度”，“促进医药领域中各类机构和人员依法经营、守法运营”。
（三）不正之风整治效果
2025年2月18日，最高人民检察院举行“在服务大局中贡献检察力量”新闻发布会，通报2024年全国检察机关充分运用法治力量服务经济社会高质量发展的进展成效。
最高人民检察院检察委员会委员、职务犯罪检察厅厅长张晓津介绍，2024年，全国检察机关起诉医疗、教育、就业等民生领域职务犯罪3000余人，同比上升1.6倍。其中配合深入整顿医药领域乱象，依法惩治“靠医吃医”、套取医保资金等腐败犯罪，推动解决“看病难”“看病贵”等问题，2024年，起诉医疗领域职务犯罪1800余人。
（四）2025年，医疗领域整顿持续保持高压
2025年1月召开的二十届中央纪委四次全会上已明确指出，要始终保持反腐败永远在路上的坚韧执着，保持战略定力和高压态势，一步不停歇、半步不退让，一体推进不敢腐、不能腐、不想腐，坚决打好这场攻坚战、持久战、总体战。
会议提出，着重抓好金融、国企、能源、消防、烟草、医药、高校、体育、开发区、工程建设和招投标等领域系统整治。
中纪委最新文章指出，以医药领域为例，需要深化推动医药体制改革，重构整体医药管理体系，并且通过改革有效促进医疗、医保、医药协同发展和治理，从根源上消除医药腐败滋生蔓延的土壤。
为严格落实二十届中央纪委四次全会要求，巩固深化拓展全国医药领域腐败问题集中整治成效，统筹开展群众身边不正之风和腐败问题集中整治，切实做好2025年纠正医药购销领域和医疗服务中不正之风工作，2025年6月13日，国家卫生健康委、公安部、财政部、市场监管总局、医保局、国家税务总局等14个部委联合印发《2025年纠正医药购销领域和医疗服务中不正之风工作要点》。
具体要求方面，《2025年工作要点》共分为四个部分：在全面强化纠风工作顶层设计上，健全不正之风和腐败问题同查同治机制，加强医药卫生领域廉政建设任务落地，切实强化医疗卫生机构党的建设；在持续深化医药购销领域治理上，聚焦关键领域、关键环节，加大执法力度，压实各部门在全流程监管上的主体责任，发挥穿透式审计监督优势，加强对医药行业社会组织的督促指导；在系统纠治医疗服务乱象上，加大对违法违规行为频发领域的治理，深入开展整治殡葬领域腐败乱象，规范互联网诊疗行为，强化医疗机构内部管理和医德医风监管，切实维护医保基金安全；在扎实推进保障落实工作上，强化部门间统筹，完善长效措施，以各部门联动推进组织实施。
三、中国税制改革与监管变化对医药生产企业的影响
近年来，“两票制”“营改增”“金税四期”等政策层层加码，深刻重塑了医药行业的生态环境。两票制压缩流通环节，营改增堵住虚开漏洞，金税四期依托大数据实现穿透式监管，三者合力推动行业去伪存真。短期阵痛下，传统模式企业加速淘汰；长期来看，合规化、数字化与专业化成为生存关键，为行业长远健康发展奠定基础。
（一）“两票制”
“两票制”，是指在医药生产流通市场，从生产企业到流通企业开一次发票，从流通企业到医疗机构开一次发票。
“两票制”是针对医药流通领域弊端采取的对症下药措施。通过减少药品流通领域中间环节，提高流通企业集中度，打击“过票洗钱”，将众多处于少散乱状态的批发商和医药代表淘汰出局，从而有效解决药价虚高的问题，促进医药市场格局的调整，破除以药补医机制，从而解决患者看病难、看病贵的问题。
2012年，福建省三明市在医改中率先试行“两票制”。2016年，国务院发布的《深化医药卫生体制改革2016年重点工作任务》明确要求在医改试点省份推行两票制。2017年1月，国家卫计委等八部委联合发布《关于在公立医疗机构药品采购中推行“两票制”的实施意见（试行）》，要求2018年底前全国全面实施。2018年8月15日，国家卫生健康委、公安部、财政部、国家税务总局等九部委联合发布《关于印发2018年纠正医药购销领域和医疗服务中不正之风专项治理工作要点的通知》（国卫医函〔2018〕186号）提出，“全面实施网上采购，在公立医疗机构中全面实施药品购销两票制，鼓励有条件的公立医疗机构实行医用耗材购销两票制”。
在“两票制”政策出台以前，药品从医药企业到最终患者手中会经过多个层级经销商开具增值税发票，甚至存在过票、挂票行为，造成中间经销商层层加价和药品价格过高。“两票制”政策出台后，药品的经销商逐渐由代理类经销商转变为配送类经销商，配送类经销商仅承担产品配送功能，产品的市场推广主要由医药企业自行筹划或者安排专业的市场推广服务商进行。
（二）营改增
“营改增”，是指“营业税”改征“增值税”，旨在消除重复征税、完善税收链条。2012年之前，中国增值税和营业税并行的“流转税”制度，导致大量的重复征税。2012年，上海率先在原部分缴纳“营业税”的行业实施“营改增”试点。2016年5月，营改增全面实施，营业税退出历史舞台。
增值税实行严格的链条式管理，凭票抵扣。国家对虚开增值税发票的打击力度空前。医药制造企业必须确保自身及上游供应商（原料、包材等）、下游合作伙伴（经销商、CSO）发票的真实性、合法性。
增值税的穿透性监管迫使医药制造企业必须严格审核合作方的服务真实性，杜绝“过票”或“假服务真开票”行为。两票制压缩流通环节，营改增堵住税务漏洞，“营改增”与“两票制”结合，使得医药制造企业的生产成本、市场推广费用等变得更加透明。
（三）金税四期和信息透明时代的税务监管
当今，信息化浪潮正席卷全球，大数据、人工智能、区块链等前沿技术的广泛应用深刻重塑着各行业生态，税收领域亦不例外。金税四期的上线、全电发票的实施，标志着我国税收征管步入全新阶段，税收征管环境发生了翻天覆地的变革。
金税四期构建起全方位、立体化的智能征管体系。它不仅仅是税务系统的一次升级，更是对税收治理模式的深度革新。金税四期通过大数据汇聚海量涉税数据，涵盖企业全生命周期各类信息。这些数据经深度挖掘与智能分析，为精准画像纳税人、洞察潜在税收风险提供坚实基础。例如，系统能依据企业过往数年的销售增长趋势、成本变动规律及同行业均值对比，精准定位异常波动，提前预警风险。信息透明时代的全新监管环境，倒逼医药企业必须加强税务合规。
*本文摘自于《反腐风暴下，医药企业税务合规指引（2025版）》，下一期将更新第四部分内容“医药生产企业十大典型税务案例”，全文目录如下：
目 录
前言
一、医药生产企业及发展概况
（一）医药行业与医药生产企业
（二）医药行业产业链
（三）2024年中国医药行业发展概况
二、医药领域不正之风整治与税务监管
（一）新医改的目标和定位
（二）不正之风整治
（三）不正之风整治效果
（四）2025年，医疗领域整顿持续保持高压
三、中国税制改革与监管变化对医药生产企业的影响
（一）“两票制”
（二）营改增
（三）金税四期和信息透明时代的税务监管
四、医药生产企业十大典型税务案例
案例一：四川云亳堂药业虚假中药材采购虚开发票案
案例二：贵州某药业虚构中药材采购虚开发票及少计收入偷税案
案例三：上海某生物医药虚报研发费用加计扣除偷税案
案例四：黑龙江某华医药企业虚构交易虚开发票偷税案
案例五：朗×医药科技取得虚开普票被追缴税款并处罚款加收滞纳金案
案例六：上海心×医疗因未填报高企年度报表被取消资格补税案
案例七：深圳D药业通过科目错配隐匿广宣费支出偷税案
案例八：拟上市药企A公司取得虚开推广发票补税案
案例九：C医药制造企业过期药损失直接税前列支案
案例十：A药企八亿餐费伪装会议费偷税案
五、医药生产企业六大税务风险点
（一）采购农产品增值税抵扣的税务风险点
（二）研发费用加计扣除的税务风险点
（三）资产损失处理的税收风险点
（四）账簿上不列、不及时、少列收入税收风险点
（五）销售费用的税收风险点
（六）相关税收优惠的税收风险点
六、医药生产企业税务风险成因
（一）内部管理缺陷
（二）外部税收政策与监管环境变化
七、医药生产企业税务合规建议
（一）建立内部税务合规培训机制
（二）加强推广商审查与合同管理
（三）加强发票合规管理
（四）积极应对税务检查
（五）及时采取税务救济手段
（六）聘请税务专业人士
八、明税观察
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