结合2019年以来财政部和国家税务总局已出台的有关增值税增量留抵退税相关政策，本指南概述了不同企业增值税留抵税额退税政策的适用条件、退税计算、申报流程及注意事项等，以便相关企业准确适用该政策。
同时，按照以往惯例，财政部和国家税务总局近期将会对防控重点物资生产企业具体如何适用增值税留抵退税出台进一步的细化规则，相关企业应予以关注。
一、增值税原理及留抵退税制度演变
（一）增值税原理
增值税是对商品和服务流转过程中的增值额征收的一种税，通过“道道征收、层层抵扣”的方式来保障税制的实施。通常而言，增值税一般纳税人应纳的增值税的计算公式如下：应纳增值税=增值税销项税额（增值税不含税销售额×适用税率）—增值税进项税额（商品或服务的采购价格×适用税率）。
当纳税人某个纳税期内的商品或服务采购额大于销售，即增值税进项税额大于销项税额，就形成增值税进项税额的留抵税额。在引入退税制度之前，该留抵税额可以从纳税人以后期间的销项税额中继续抵扣。从长期来看，即使没有留抵退税制度，也不会形成企业真实的负担。尽管如此，留抵的增值税由于需要企业先行支付，会挤占企业的经营现金流，不利于企业的日常经营和扩大再生产。
（二）留抵退税制度演变
2019年4月1日之前，增值税留抵退税制度并不具有普遍的适用性，仅适用于特定行业企业。表一列举了2019年4月1日前，适用留抵退税制度的特定行业及政策文件：| 集成电路企业 | 《财政部、国家税务总局关于退还集成电路企业采购设备增值税期末留抵税额的通知如》（财税[2011]107号） | 对国家批准的集成电路重大项目企业（具体名单见附件）因购进设备形成的增值税期末留抵税额（以下称购进设备留抵税额）准予退还。 |
| 石化企业 | 《财政部、国家税务总局关于利用石脑油和燃料油生产乙烯芳烃类产品有关增值税政策的通知》（财税[2014]17号） | 自2014年3月1日起，对外购用于生产乙烯、芳烃类化工产品的石脑油、燃料油，且使用2类油品生产特定化工产品的产量占本企业用石脑油、燃料油生产各类产品总量的50%（含）以上的企业，其外购2类油品的价格中消费税部分对应的增值税额，予以退还。 |
| 大型客机和新支线飞机发动机研制项目 | 《财政部 国家税务总局关于大型客机和新支线飞机增值税政策的通知》（财税〔2016〕141号） | 对纳税人从事大型客机、大型客机发动机研制项目而形成的增值税期末留抵税额予以退还。 |
| 装备制造等先进制造业、研发等现代服务业和电网企业 |
《财政部、税务总局关于2018年退还部分行业增值税留抵税额有关税收政策的通知 》（财税〔2018〕70号） |
纳税人向主管税务机关申请退还期末留抵税额，当期退还的期末留抵税额，以纳税人申请退税上期的期末留抵税额和退还比例计算，并以纳税人2017年底期末留抵税额为上限 |
根据党中央和国务院深化增值税改革、推进增值税实质性减税的要求， 2019年年3月20日，财政部、国家税务总局、海关总署联合发布《关于深化增值税改革有关政策的公告》（以下简称“39号公告”），规定自2019年4月1日起将留抵退税扩大到所有行业。
为加大对制造业的支持力度，进一步优化营商环境，2019年8月31日，财政部和税务总局联合发布《关于明确部分先进制造业增值税期末留抵退税政策的公告》，放宽了对部分先进制造业纳税人的（增量）留抵退税的条件。
为积极应对新冠疫情的发展，2020 年2月5日召开的国务院常务会议决定，对防控重点物资生产企业扩大产能购汇设备允许税前一次性扣除，并全额退还这期间增值税增量留抵税额。再此之前，全国多个地方政府和税务机关也出台政策，要求优先落实和保障医疗防控物资生产企业的增值税留抵退税，全力支持这类企业开展复工复产、扩大生产。
二、增值税留抵退税制度类型及适用条件
根据适用行业、留抵退税额条件和计算方式的不同，增值税留抵退税制度大致可以分为如下三类：- 普遍适用于所有行业的增值税增量留抵退税；
- 适用于部分先进制造业的增值税增量留抵退税；
- 适用于特定行业的期末留抵税额全额退税。
表二列举了三种不同增值税留抵退税制度的适用条件及退税额的计算差异：
| 所有一般纳税人 | 部分先进制造业一般纳税人 | 防控重点物资生产企业、从事大型民用客机发动机、中大功率民用涡轴涡桨发动机研制项目的企业 | |
| 执行时间 | 2019年4月1日起 | 2019年6月1日起 |
l 从事大型民用客机发动机、中大功率民用涡轴涡桨发动机研制项目的企业，自2018年1月1日起至2023年12月31日止 l 防控物资生产企业的执行时间可能仅适用于疫情期 |
| 主体条件 |
l 纳税信用等级为A级或者B级 l 申请退税前36个月未发生骗取留抵退税、出口退税或虚开增值税专用发票情形 l 申请退税前36个月未因偷税被税务机关处罚两次及以上 l 自2019年4月1日起未享受即征即退、先征后返(退)政策 |
l 飞机发动机研发企业的主体条件，参见财政部、税务总局公告2019年第88号； l 防控物资生产企业的主体条件需要财政部和国家税务总局的后续文件明确。基本条件可能跟39号文类似。 |
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| 退税条件 | 自2019年4月税款所属期起，连续六个月（按季纳税的，连续两个季度）增量留抵税额均大于零，且第六个月增量留抵税额不低于50万元 | 增量留抵税额大于零 |
l 飞机发动机研发企业，未限制为只退还增量留抵税额； l 防控物资生产企业的主体条件需要财政部和国家税务总局的后续文件明确。 |
| 退税计算 | 允许退还的增量留抵税额=增量留抵税额×进项构成比例×60% | 允许退还的增量留抵税额=增量留抵税额×进项构成比例 |
l 飞机发动机研发企业：对纳税人上期末已形成的期末留抵税额彻底予以退还； l 防控物资生产企业的主体条件需要财政部和国家税务总局的后续文件明确 |
注：
- 增量留抵税额是指与2019年3月31日相比新增加的期末留抵税额。
- 进项构成比例，为2019年4月至申请退税前一税款所属期内已抵扣的增值税专用发票（含税控机动车销售统一发票）、海关进口增值税专用缴款书、解缴税款完税凭证注明的增值税额占同期全部已抵扣进项税额的比重。纳税人在2019年4月至申请退税前一税款所属期内按规定转出的进项税额，无需从已抵扣的增值税专用发票、机动车销售统一发票、海关进口增值税专用缴款书、解缴税款完税凭证注明的增值税额中扣减。
三、申报流程及注意事项
（一）申报流程
纳税人申请办理留抵退税，应在符合条件的次月起，在申报期内完成本期申报后，通过电子税务局或办税服务厅提交《退（抵）税申请表》。纳税人既申报免抵退税又申请办理留抵退税的，税务机关应先办理免抵退税。办理免抵退税后，纳税人仍符合留抵退税条件的，再办理留抵退税。税务机关对纳税人是否符合留抵退税条件、当期允许退还的增量留抵税额等进行审核确认，并将审核结果告知纳税人。纳税人符合留抵退税条件的，税务机关应自受理留抵退税申请之日起10个工作日内完成审核，并向纳税人出具准予留抵退税的《税务事项通知书》。纳税人不符合留抵退税条件的，不予留抵退税。税务机关应自受理留抵退税申请之日起10个工作日内完成审核，并向纳税人出具不予留抵退税的《税务事项通知书》。
（二） 注意事项
- 纳税人取得退还的留抵税额后，应相应调减当期留抵税额。再次满足退税条件的，可以继续向主管税务机关申请退还留抵税额；
- 增值税一般纳税人出口货物劳务、发生跨境应税行为，适用免抵退税办法的，办理免抵退税后，仍符合留抵退税规定条件的，可以申请退还留抵税额，也就是说要按照“先免抵退税，后留抵退税”的原则进行判断；同时，适用免退税办法的，相关进项税额不得用于退还留抵税额。
- 税务机关在办理留抵退税期间，发现符合留抵退税条件的纳税人存在以下情形，暂停为其办理留抵退税。但如增值税涉税风险疑点等情形已排除，纳税人仍符合退税条件的，纳税人仍可申请退税。
- 存在增值税涉税风险疑点的；
- 被税务稽查立案且未结案的；
- 增值税申报比对异常未处理的；
- 取得增值税异常扣税凭证未处理的；
- 国家税务总局规定的其他情形。
在当前新冠疫情防控的关键时间节点，加大防控重点物资生产企业的增值税留抵退税支持力度，有利于该类企业复工复产、扩大生产，有利于对疫情的防控。广大企业应关注并积极关注并合理享受包括增值税留抵退税的各类减税将府政策，共克时艰！